わが国は、2002年5月20日の独立日に東ティモールを承認、外交関係を樹立し、2004年1月には、在ティモール大使館を設置しました。

1999年以来東ティモールの自立に向けた国づくりに対して、わが国は積極的に支援を行ってきました。1999年12月、第1回東ティモール支援国会合（東京開催）では、3年間で1億3千万ドルの支援を表明し、実施しました。また、2002年5月、第6回支援国会合では、3年間で約6千万ドルを上限とする支援を表明し、2005年3月までに実施しました。その後、二国間支援を本格化し、教育、人材育成、制度作り、インフラ整備・維持管理、農業・農村開発及び平和の定着を重点4分野として支援を実施しています。 2006年春の騒乱時には、国連緊急アピールに対し、500万ドルの支援を行いました。また、2007年2月、大統領選挙及び国民議会選挙実施を支援するため、国際開発計画（UNDP）を通じて約72万ドルの緊急無償資金協力を行い、これまでの無償資金協力の累積額は150億円に達しています。

本年2009年3月、グスマン首相が日本を公式訪問し、これまでの我が国の支援に対する高い評価と謝意、また、今後の支援に対する期待が表明されました。特にインフラ整備に関し、日本の円借款の供与が要請されました。これに対し、日本政府は、東ティモールに調査団を派遣しました。

資金援助以外にもPKOへの自衛隊施設部隊等を派遣したり、文民警察要員の派遣、選挙監視団の派遣、技術協力等の人的貢献なども行っています。