第3期は、ディリ地区以外の各地方行政の拠点となる地方事務所などの公共施設の建設を行いました。長期に渡り、電気、水道、給食設備が整っていない地方の悪環境の中で、はじめて接する地域住民への配慮を行いながらの作業が求められました。
第3期の教育では、国内騒乱による国外退去など、3度に渡って訓練の一時中止があり、大幅な計画変更と教育訓練の変更を余儀なくされました。
その中で、第1期、第2期教育修了生がオクシ地区地方事務所、タシトル地区宿泊施設、スアイ地区病院施設などの建設を行いました。また、その間、UNMISETの任務終了に伴って、返還が予定されていた神戸ハウス（阪神・淡路大震災時のプレハブ：1,000棟）の分解組立技術の訓練を依頼され、これらについてもほぼ完全に技術を習得させることができました。

特に、これらの教育により、訓練生の技術は大きく向上し、東ティモールが保有する、種類の異なる日本製組立式建物の全てを建築できるようになりました。