ティモール島は、16世紀にポルトガルに植民地化されました。その後オランダが進出し、1859年に西ティモールをオランダ領に割譲したことによって、ティモール島は東西に分割されました。
第二次世界大戦中の1942年には日本軍が占領し、大戦終了まで1個師団約3万名が駐屯して、住民徴用を行い、築城工事や道路建設および食料の現地調達を行いました。

1974年ポルトガルの新政権が植民地政策を放棄したことによって東ティモールの独立気運が高まりましたが、1976年インドネシアによって武力併合されました。
1998年、インドネシアのスハルト政権が崩壊したことで、翌1999年、東ティモール独立を問う住民投票が行われ、78.5％の国民が独立の意思表明を行いました。しかし、その結果に不満を持つ独立反対派により、首都近郊および拠点都市のほとんどの建物、主要幹線道路が破壊され、最終的には内乱にまで発展しました。同年、インドネシア政府が東ティモールの独立を承認したことによって、国連による暫定行政機構（UNTAFT）が設立され、2002年2月に独立を果たしました。
独立後、UNTAFTは増強され、東ティモール支援団（UNMISET）として東ティモールの復興を支援・指導し、2005年5月に撤退しました。
この間、日本は陸上自衛隊施設群約600名を2年半にわたって派遣し、復興支援を行いました。その後、国連東ティモール事務所（UNOTIL）が支援指導を行っていましたが、2006年4月に発生した離脱兵士による処遇改善要求の抗議行動に関連した暴動によって、アルカティリ政権が崩壊しました。それを受けて、同年8月、国連東ティモール統合ミッション（UNMIT）が設立され統治を支援しています。